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微蛋白研究
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AI新工具探索“被忽视的DNA区域”
Ke Ji Ri Bao· 2025-07-31 23:54
ShortStop的出现改变了这一局面。该AI工具通过机器学习训练,不仅能够从大型基因数据库中识别出 潜在的smORF,还能预测哪些微蛋白最有可能具备生物学相关性,从而显著提高研究效率。其核心创 新在于采用双类别排序系统:通过将真实发现的smORF与计算机生成的随机"诱饵"序列进行比较, ShortStop能够快速评估新发现的smORF是否可能具有功能性,从而优先筛选出值得深入研究的候选 者。 团队将ShortStop应用于已发布的smORF数据集后,发现约8%的序列可能编码功能性微蛋白,并已将其 列为优先验证目标。该工具还能识别出以往方法遗漏的微蛋白,包括在人体细胞和组织中实际表达的种 类。尤为重要的是,它可直接利用广泛存在的RNA测序数据,这意味着许多实验室无需额外实验即可 开展微蛋白研究。 美国索尔克研究所开发出一种名为ShortStop的机器学习框架,用于探索以往"被忽视的DNA区域",寻 找在疾病中发挥关键作用的微蛋白。相关研究发表在最新一期《BMC方法学》上。 这些微蛋白是蛋白质家族中的小型成员,其组成氨基酸通常少于150个,因此难以通过传统蛋白质分析 方法检测。长期以来,它们隐藏在基因组中被视为 ...